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#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研) 理研ECLから荻沼政之先生をゲストにお呼びしました。遺伝研/相賀研究室でのPhD生活から、フランスからアメリカにわたったポスドクでのpH/解糖系の勾配プロジェクト、ご帰国後のキリフィッシュ研究を含めた将来の展望などについてお聞きしました。(収録日2025.8.25) 荻沼先生ラボHP(理研) 荻沼先生ラボHP 相賀裕美子教授 荻沼先生の相賀研での論文 Olivier Pourquié研究室 荻沼先生の解糖系論文 荻沼先生のpH論文 ヘビの体節の論文 キリフィッシュの論文(1, 2) 大阪大学微生物病研究所 生体統御分野 石谷研究室 pH応答生物学の確立

ヘルシンキ大学の研究所HiLIFEのNeuroscience Centerから難波隆志さんをゲストにお呼びしました。神経幹細胞研究の黎明期の様子から、ヒトらしい脳を作る仕組みや大人での神経新生など、さらにヨーロッパ/フィンランドでの研究事情などについてお伺いしました。(収録日2025.07.11) 難波さんラボHP HiLIFE (Helsinki Institute of Life Science) 松野健治先生 石龍徳先生 アストロサイトからニューロンができる Radial Gliaからニューロンができる(宮田先生のグループ, 玉巻先生のグループ, Noctor and Kriegstein) JessbergerがやっているNeurogenesisの可視化 アストロサイト的な細胞からニューロンが生まれている(難波さんの論文) スライスcultureで神経新生が起きるか(難波さんの論文) タイムラプスで神経幹細胞の挙動を見る(難波さんの論文) 2019年の難波さんの論文 塩田清二先生 中嶋先生 高坂新一先生 貝淵研究室 榎本篤先生 CaMKの論文 PAR3の論文 パイオニア軸索との相互作用の論文 Wieland Huttner lab Simone Fietz et al (Wieland Huttner group) HansenとKriegsteinの論文 ARHGAP11Bの最初の論文(Marta Florio et al) 難波さんのARHGAP11B論文 Christos Chinopoulos  戸田さんゲスト回 Jacqueline Tabler Lei Xing Lei Xingとの論文 2018年のArturoの論文 成体神経新生はあると主張する論文(の一例) Federico Calegari Pierre Vanderhaeghen Lab 岩田さん 畠山さん

北海道大学遺伝子病制御研究所准教授の岡崎朋彦先生をゲストにお呼びしました。学生から助教まで14年過ごした後藤由季子研究室での研究生活、15年越しのプロジェクトであるトポロジー反転による細胞質カルボキシル化、北大でのPI生活とこれからの展望などについてお話しました。(収録日2025.06.05) Shownotes: 岡崎朋彦研究室(北海道大学遺伝子病制御研究所分子細胞生物研究室) 岡崎さんのカルボキシル化の論文 バイステポッドキャスト古舘さん回(パート1, パート2)  *言及を忘れていましたが、岡崎さんと古舘さんは学部からの同期です。 馬渕先生 後藤由季子研究室 岡崎さんのASKの論文 一條秀憲先生 ASKがMAPKKK 一條研のASK1と2の使い分けの論文Azad Bonni 谷口維紹先生 河岡義裕先生 ペルオキシソームの論文 NUDT21の論文 MAVS同定の論文(の一つ)　 吉種光先生 TM4SF20のTopology論文 Jonathan Kipnis Kipnisの論文 北海道大学遺伝子病制御研究所 村上正晃先生

ジョンズホプキンス大学から古川夏輝さんをゲストにお迎えしました。がん細胞を選択的に細胞死させるペプチドの発見とその改良、またそのペプチドによるアメリカでの起業などについてお聞きしました。(収録日2025.05.5) Shownotes: 坪山さん回 本田さん回 同期ゲスト(井上さん回、小坂元さん回) UJA 二本垣さん OSUとミシガン大学 古川さんの論文 古川さん所属ラボ(Aleksander S. Popel lab) アメリカンナイトGOLD

UCSFのDavid Julius(TRPチャネルで2021年ノーベル賞)ラボでポスドクをされている東原幸起さんをゲストにお呼びしました。博士課程を過ごしたRoderick MacKinnon(Kチャネルで2003年ノーベル賞)ラボでの様子を含め、ノーベル賞受賞者のメンタリングスタイルやチャネル研究のトレンド、最近Publishされた東原さんの論文を含めた東原さんのご研究についてお伺いしました。(収録日2025.04.22) 東原さんResearch map 萩原さん(NeuroRadio) 濡木研究室 伏信研究室 David Gadsby先生  Hodgkin-Huxley論文 Roderick MacKinnonラボ DavidとYifanによるTRPチャネルの構造 Thomas Walz 東原さんの論文１ 東原さんの論文２　 共著の構造の論文 David Juliusラボ Yulong Liラボ Ardem Patapoutian Lab 東原さんの論文

名古屋大学教授の松本有樹修先生をゲストにお呼びして、翻訳されるノンコーディングRNA、リボソームの多様性、中山敬一ラボでのPhD生活、ハーバード大学Pandolfi研での留学、これからの研究の展望などについてお話をお聞きしました。(収録日2025.03.11) Shownotes: 松本先生ラボHP 中山敬一先生 中山研での松本先生の論文(p57 1, 2: Fbx7 1, 2) Howard Chang HOTAIRの論文 John Rinn Pier Paolo Pandolfi 松本先生のSPARの論文 JmjC domain Dark Proteomeと呼ばれている Upstream ORFが翻訳されると下流の翻訳が抑制される(の例) 翻訳されている位置をより正確に検出する手法 PhyloCSF 翻訳されるノンコーディングRNAの論文(TINCR, KastorとPolluks) 鍋島陽一先生 Klotho遺伝子 C末端の疎水性と分解 元根さんのナノポアの論文 アストラル(質量分析器) 吉種先生 心筋リボソームの論文 胸腺プロテアソーム(Thym-Proteasome) 精巣特異的リボソーム Maria Barna先生のリボソーム多様性の論文

David Baker(2024年タンパク質デザインでノーベル化学賞)ラボでポスドクをされています本田信吾さんをゲストにお呼びしました。本田さんはアサヒビールを経て東大野地研で学位を取られ、その後現在のBakerラボに所属されています。今回は本田さんのこれまでのキャリアからタンパク質デザインの現在、本田さんの現在の研究などについてお聞きしました。さらにBakerラボの雰囲気やシアトルの生活の様子など研究以外のトピックも盛りだくさんでお届けします。(収録日2025.01.18) Shownotes: 野地研 本田さんの野地研での論文 デジタルバイオアッセイ David R. Walt Simoa (Degital ELISA) Alkaline Phosphataseのheterogeneousな画分を検出して診断に応用 David Bakerラボ プローブのデザイン 古賀先生　 David Agard Top7 古賀先生のデザイン原則 NAISTの小林先生 VILYA RoseTTAFold (Minkyung Baek et al.) RFdiffusion RoseTTAFold All-Atom AlphaFold 3 Boltz-1 Deepmindがenzymologistを募集している Serine hydrolasesのde novoデザイン Florian Praetorius Danny D. SahtoeとFlorianの論文 DynamicなHingeのデザイン Adam Broermanの論文 AlphaProteo BindCraft Kejia Wuが設計していた De novoデザインタンパク質で作られたCOVID-19ワクチン 分子デザインはじめました

今回はワシントン大学セントルイスで2025年から研究室を主宰されている牛木亜紀さんをゲストにお迎えしました。牛木さんは筑波大学・谷本研究室で学位をとられたのち、UCSFのNadav Ahituv先生の研究室でエンハンサーと疾患のかかわりで重要な成果を出されております。今回はこれまでの研究の背景やジョブハント事情、これからの牛木ラボの方向性などについてお聞きししました。(収録日2024.12.29) 牛木ラボHP 筑波大　谷本研究室 レニンの論文(1, 2) 進化しすぎた脳 生物と無生物のあいだ ミトコンドリア・ミステリー Nadav Ahituvラボ 牛木さんの無手足性の論文 牛木さんの側弯症の論文 井上詞貴先生 ヘビのCell Len Pennacchio, Axel Visel

UC BerkeleyのComparative Biochemistryで博士課程をはじめられた小野隆一さんをゲストにお呼びして、海外博士課程事情から最新のCRISPRや腸内細菌叢ゲノム編集などについてお話ししました。さらに豪華共同ホストとしてペンシルバニア大学博士課程の山田さんにご参加いただきました。(収録日2024.10.20) Shownote: 小野さんX(Twitter) 程久美子先生ラボ 程先生のmiRNA解説記事(2024.10.31まで無料公開) Brady Cress先生ラボHP Bredy先生のNature Microbiology論文 Bredy先生ラボの最近の論文 SVAP Peter J. Turnbaugh先生ラボHP  XPLANE Sam Sternberg先生の講義動画 CASTを見つけたPNAS論文  Defence island Anti-defence island(の例) Eugene V. Koonin先生ラボHP Jillian(Jill) Banfield先生ラボHP BORGの論文 Jennifer Doudna先生ラボHP Cas13の祖先の論文 Doudna研からのデリバリーの論文 Open CRISPR

東京大学医科学研究所教授の稲田利文先生をゲストにお呼びしました。博士課程の時分の大腸菌を用いた遺伝子機能ハンティングの研究から留学話に続いて現在の研究につながる翻訳異常に対するmRNAやタンパク質の品質管理機構などについてお聞きしました。(収録日2024.07.03) 稲田研究室HP 中村義一先生 稲田先生の博士論文 饗場弘二先生 留学中の論文(1, 2) Roy Parkerの論文 EMBO 2005の論文 RQCについてのレビュー(日本語) (1, 2)

ドイツで研究室を主宰されています戸田智久さんをゲストにお呼びしました。東大川崎研でのエピソードから、サンディエゴのFred Gageラボでの留学話、最近の戸田ラボでの研究からさらなる展開まで一連の神経科学研究についてお聞きしました。研究に対するメンタリティなどについてもお聞きしました。(収録日2024.05.09) 戸田ラボHP 河崎ラボ(現金沢大学)HP 戸田さんの川崎ラボでの論文の一つ(の解説記事) Larry Katz Fred Gage lab Gege labでの論文 Günter Blobel 超寿命RNAの論文 Gerd Kempermann

理化学研究所で研究室を主宰されている岩崎信太郎さんをゲストにお呼びしました。泊研でのエピソードから、バークレー(Ingoliaラボ)での留学話、最近の岩崎研での研究からさらなる展開まで一連の翻訳研究についてお聞きしました。また留学アドバイスなどもいただきました。ちなみにエピソード内で言及を忘れていましたが、岩崎さんと管理人は留学先の建物が同じであるとともにボスのボスが同じ(Dr. Jonathan Weissman)という点でも共通でした。(収録日2024.03.28) 岩崎ラボホームページ 泊ラボホームページ Nick Ingolia lab 坪山さんの回

熊本大学発生医学研究所教授の石黒啓一郎さんをゲストにお呼びしました。坂野研時代のエピソードから、留学時のエピジェネ研究の黎明期の様子、さらに減数分裂のキー因子Meiosinの発見からさらなる展開までお聞きしました。さらに職業として学問を行う心構えについてもお聞きしました。(収録日2024.02.08) 石黒研究室 坂野先生 坂野研の時の論文 留学先での論文 Meiosinの論文

東大/生産研で今年度から研究室を主宰されています坪山幸太郎さんにお話をお伺いしました。オートファジー/RNAサイレンシング機構/HEROタンパク質群の研究から最近のタンパク質の安定性を決めるアミノ酸配列ルールの研究に至るまでどれも非常に感銘を受けました。研究をうまく進めるためのヒントも盛りだくさんだと思います。(収録日2023.08.03) 坪山研ホームページ 水島研 ホームページ 水島研での坪山さんの論文 泊研ホームページ 泊研での坪山さんの論文1 (HSP) 泊研での坪山さんの論文2 (HERO) 岩崎さん(ラボHP) 深谷さん(ラボHP) Gabriel Rocklinラボ David Barkerラボ Rocklinラボでの坪山さんの論文 Rocklinさんの論文

NIHでPIをされている明楽隆志さんをゲストに、メンデルの法則に従わない利己的なDNAの遺伝 (Meiotic Drive) の研究について、またアメリカでの研究事情などについてお聞きしました。さらに最近の宇宙飛行士選抜で最終候補まで残られたということで宇宙飛行士選抜についてもお伺いしました。(収録日2023.07.07) (*冒頭の紹介で抜けてしまいましたが聞き手として東大/平林研助教の壷井さんにもご参加いただきました。) Shownotes: 明楽さんラボHP 明楽さん(ラボ)の論文 PhD 1報目 PhD 2報目 (日本語の解説) ポスドク 1報目 (日本語の解説) ポスドク 2報目 最近のBioRxiv Michael LampsonラボHP 佐藤政充先生ラボHP